Theo địa bạ An Giang được xác lập ngày mùng 3 tháng 6 năm Minh Mệnh thứ 17 (Dương lịch 1836), thôn Vĩnh Hậu thuộc tổng An Lương, huyện Đông Xuyên, phủ Tuy Biên[2].

Năm 1979, Cù Lao Cở Túc (tức ấp Vĩnh Thạnh) của xã Vĩnh Trường được sáp nhập vào xã Vĩnh Hậu (lúc này cùng thuộc huyện Phú Châu).[3]

Ngày 13 tháng 11 năm 1991 huyện Phú Châu chia lại thành hai huyện An Phú và Tân Châu, xã Vĩnh Hậu thuộc huyện An Phú.